O protocolo secundário é um plano de emergência orquestrado por Charles Widmore em caso de dificuldade de captura de Ben. Supõe-se consistir numa breve descrição de como funciona a estação Orquídea e como se chegar lá. Além disso, é mencionado o "incêndio" da Ilha, que seria feito por Keamy logo após pegar Ben.
Inicialmente é mencionado numa cena aonde se mostra uma pasta de informações encontrada na cabine do escritório do capitão Gault dentro de um cofre.
Após Keamy tomar à força a chave do cofre de Gault, invade a cabine e abre o cofre, revelando uma pasta com o símbolo da Orquídea na capa. Após uma breve folheada, Keamy se retira da sala e passa a executar o plano. ("Cabin Fever")
É um plano também conhecido por Faraday, que alerta a sua colega Charlotte para saírem dali o quanto antes.("There's No Place Like Home: Parte 1")
Aparentemente, apenas Keamy e Faraday conheciam previamente sobre o plano, ou pelo menos parte dele, da equipe do Kahana.
Não é executado devido a morte de Keamy na missão, porém isso desencadeou a explosão do Cargueiro.("There's No Place Like Home: Parte 2")
Questões não respondidas?[]
- O protocolo secundário é uma referência à Iniciativa Dharma ou foi arquitetado por Widmore para extrair Ben?
- Quais outras informações ele contem?
- Por que Keamy sabia do seu conteúdo previamente e o capitão Gault não?
- Como Daniel sabia sobre o protocolo secundário, mas Charlotte não?
- Qual era o protocolo primário então?
- Como Keamy iria cumprir a segunda parte da missão,ou seja, incendiar a Ilha?
- Keamy iria mesmo ter de incendiar a ilha mesmo capturando Ben?
- Como iria se produzir esse "incêndio"? Havia no protocolo o procedimento para tal?
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