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Anthony Cooper é o pai biológico de John Locke, que quando foi encontrado pelo filho estava fazendo hemodiálise e precisava de um rim. Ele se aproximou de John convidando-o para caçar e lhe deu um golpe para pegar seu rim saudável usando a ajuda da mãe de John, Emily Locke. ("Deus Ex Machina")
Ele se mudou na tentativa de se livrar do filho, que o seguia constantemente, mas Jonh conseguiu encontrar sua nova casa. Depois que Helen convenceu Jonh a parar de segui-lo, Anthony fingiu sua própria morte para evitar que Jimmy Bane o encontrasse, já que ele tinha lhe dado um golpe de $700,000.
Ele entrou em contato com Jonh e perguntou se ele podia retirar o dinheiro de uma Caixa de Depósito, prometendo lhe dar $200,000 de recompensa. ("Lockdown")
Muitos anos depois, Jonh tropeçou em mais um dos golpes de Anthony, que estava tentando se casar com a Sra. Talbot para roubar seu dinheiro. Peter Talbot, seu filho, tentou intervir e acabou “misteriosamente assassinado”. Jonh suspeitou que Anthony fosse o responsável, mas ele lhe disse que não tinha nada a ver com a história. Mas Jonh não acreditou mesmo assim e acabou se virando de costas para o pai, que o empurrou da janela do 8° andar de um prédio. Jonh quebrou a coluna e ficou paraplégico. Pouco depois, Anthony viajou para o México e desapareceu. ("The Man from Tallahassee")
Na Ilha
Anthony preso na Ilha.
Ben falou a Locke sobre a "Caixa Mágica" da Ilha, e depois perguntou se ele queria ver o que tinha dentro. Jonh abriu a porta e viu Anthony amarrado e amordaçado. Antes, Bem tinha se referido ao prisioneiro como "o homem de Tallahassee." ("The Man from Tallahassee")
Locke pergunta a Ben como Cooper foi parar lá, e Ben manda-o perguntar a ele. Quando Locke remove a mordaça, Cooper o morde com tanta força que causa um sangramento. Ben então ordena que a caixa seja fechada, o que acontece.
Alguns dias depois, Cooper é amarrado em um pilar na frente de todos os Outros. Uma noite Ben acorda Locke e diz a ele para matar Cooper, na frente de todos. Mesmo sendo atiçado por Ben e ridicularizado por Cooper, Locke não consegue matar o pai. Ben diz aos Outros que Locke não é quem eles pensavam que ele fosse. Ele então diz que os ele e os Outros estão partindo para um outro local, e que Locke não pode ir. Ben diz para Locke que ele só poderá juntar-se a eles novamente após matar Cooper. Richard Alpert conversa com Locke e sugere que ele aliste uma outra pessoa para matar Cooper, e dá-lhe a ficha de James "Sawyer" Ford. Ele leva Cooper até o Black Rock.
Sawyer é enganado por Locke para ir até a prisão dentro do Black Rock, onde Cooper está amarrado e amordaçado. Ele e Sawyer conversam, e Cooper diz ser pai de Locke, e revela que o empurrou do sexto andar de um prédio, deixando-o paralisado. Ele também diz que eles estão no Inferno. Após alguma discussão, Sawyer descobre que Cooper é o Sawyer original, o causador da morte de seus pais. Cooper procede então a zombar de Sawyer, não o levando a sério. Sawyer dá-lhe a carta e manda que leia. Cooper lê uma parte, e quando Sawyer manda que leia o resto, ele a rasga. Sawyer investe contra ele e acaba estrangulando-o com as correntes que o prendiam. ("The Brig")
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