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Anthony Cooper é o pai biológico de John Locke, que quando foi encontrado pelo filho estava fazendo hemodiálise e precisava de um rim. Ele se aproximou de John convidando-o para caçar e lhe deu um golpe para pegar seu rim saudável usando a ajuda da mãe de Jonh, Emily Locke. ("Deus Ex Machina")
Ele se mudou na tentativa de se livrar do filho, que o seguia constantemente, mas Jonh conseguiu encontrar sua nova casa. Depois que Helen convenceu Jonh a parar de seguí-lo, Anthony fingiu sua própria morte para evitar que Jimmy Bane o encontrasse, já que ele tinha lhe dado um golpe de $700,000.
Ele entrou em contato com Jonh e perguntou se ele podia retirar o dinheiro de uma Caixa de Depósito, prometendo lhe dar $200,000 de recompensa. ("Lockdown")
Muitos anos depois, Jonh tropeçou em mais um dos golpes de Anthony, que estava tentando se casar com a Sra. Talbot para roubar seu dinheiro. Peter Talbot, seu filho, tentou intervir e acabou “misteriosamente assassinado”. Jonh suspeitou que Anthony fosse o responsável, mas ele lhe disse que não tinha nada a ver com a história. Mas Jonh não acreditou mesmo assim e acabou se virando de costas para o pai, que o empurrou da janela do 8° andar de um prédio. Jonh quebrou a coluna e ficou paraplégico. Pouco depois, Anthony viajou para o México e desapareceu. ("The Man from Tallahassee")
Na Ilha
Anthony preso na Ilha.
Ben falou a Locke sobre a "Caixa Mágica" da Ilha, e depois perguntou se ele queria ver o que tinha dentro. Jonh abriu a porta e viu Anthony amarrado e amordaçado. Antes, Bem tinha se referido ao prisioneiro como "o homem de Tallahassee." ("The Man from Tallahassee")
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