La défaillance système est un événement qui a lieu lorsque les nombres ne sont pas rentrés correctement dans l'ordinateur du Cygne avant la fin du compte à rebours de 108 minutes. Une fois que tous les hiéroglyphes sont apparus, la force électromagnétique du bunker commence à croître rapidement, attirant tous les objets métalliques sur des distances de plus en plus grandes (les métaux non ferromagnétiques, tels que le cuivre, l’aluminium et le laiton ne sont visiblement pas affectés ; c’est pourquoi la clé de Desmond n’est pas attirée par la force). Les mots défaillance système défilent en boucle sur l’écran de l’ordinateur et une confirmation de l’événement est imprimée dans la station de la Perle.
Si l’ordinateur est intact, il reste encore à ce moment du temps pour entrer les nombres afin d'empêcher d’autres dégâts.
Au moins deux défaillances système se sont certainement produites :
- Le 22 septembre 2004, à 4:16 heures (selon la liste imprimée dans la Perle), qui est aussi la date du crash. Desmond croit qu'il a causé le crash du vol 815 à cause de son absence du bunker qui a provoquée une brève défaillance système.
- Le 66ème jour, dans le dernier épisode de la saison 2, Locke refusa de continuer à appuyer sur le bouton. Après la défaillance, Desmond tenta de rétablir la situation en activant le système de sécurité du Cygne, ce qui provoqua la Décharge électromagnétique.